ศาลจังหวัดสตูล มีเขตอำนาจครอบคลุมทั้งจังหวัด มีอำนาจพิจารณา พิพากษาคดีแพ่งและคดีอาญาทั้งปวง รวมทั้งคดีเกี่ยวกับมรดก ของอิสลามศาสนิกในท้องที่จังหวัดสตูล เนื่องจากพระราชบัญญัติว่าด้วยการใช้กฎหมายอิสลามในเขตจังหวัดปัตตานี นราธิวาส ยะลา และสตูล พ.ศ.๒๔๘๙ มาตรา ๓  บัญญัติให้ใช้กฎหมายอิสลามว่าด้วยครอบครัวและมรดกบังคับแทนบทบัญญัติแห่งประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ว่าด้วยการนั้น และมาตรา ๔ บัญญัติว่าการพิจารณาคดีในศาลชั้นต้นตามมาตรา ๓ ให้ดะโต๊ะยุติธรรม หนึ่งนายนั่งพิจารณาพร้อมด้วยผู้พิพากษาให้ดะโต๊ะยุติธรรมมีอำนาจหน้าที่วินิจฉัยชี้ขาดข้อกฎหมายอิสลามและลงลายมือชื่อในคำพิพากษาที่พิพาทตามคำวินิจฉัยชี้ขาดนั้น ดังนั้นคดีแพ่งที่เป็นคดีมรดกในส่วนที่คู่ความเป็นอิสลามศาสนิก จึงอยู่ในอำนาจของศาลจังหวัดสตูล

เว้นแต่คดีที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลเยาวชนและครอบครัวจังหวัดสตูล เช่น คดีอาญาซึ่งมีข้อหาว่าเด็กหรือเยาวชนกระทำความผิด คดีแพ่งที่เป็นคดีครอบครัว คดีตามพระราชบัญญัติคุ้มครองเด็ก พ.ศ.๒๕๔๖ คดีตามพระราชบัญญัติ  คุ้มครองผู้ถูกกระทำด้วยความรุนแรงในครอบครัว พ.ศ.๒๕๕๐ เป็นต้น

เขตอำนาจศาลจังหวัดสตูลครอบคลุม ๗ อำเภอ ได้แก่ อำเภอเมืองสตูล อำเภอควนโดน อำเภอควนกาหลง   อำเภอท่าแพ อำเภอละงู อำเภอมะนัง และ อำเภอทุ่งหว้า     มีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีอาญา คดีแพ่ง รวมถึง  คดีแพ่งเกี่ยวกับครอบครัวที่คู่ความนับถือศาสนาอิสลาม